Het decreet Integraal Waterbeleid beschrijft de opdracht van de CIW als volgt:

De CIW is bevoegd voor de voorbereiding, de planning, de controle en de opvolging van het integraal waterbeleid op het niveau van het Vlaamse Gewest. Ze waakt over de uniforme aanpak van de bekkenwerking en heeft de opdracht de beslissingen van de Vlaamse Regering op het vlak van het integraal waterbeleid uit te voeren.

De CIW speelt ook een belangrijke rol bij de planning en de uitvoering van het waterbeleid op stroomgebiedniveau. Daarom werd de CIW aangeduid als de bevoegde autoriteit van Vlaanderen voor de uitvoering van de kaderrichtlijn Water en de Overstromingsrichtlijn.

Decretale opdrachten van de CIW

• De waterbeleidsnota voorbereiden.
• De stroomgebiedbeheerplannen voorbereiden op het niveau van het Vlaamse Gewest.
• De Overstromingsrichtlijn uitvoeren, waarbij de overstromingsrisicobeheerplannen in de stroomgebiedbeheerplannen worden opgenomen.
• De rapportering aan de Europese Commissie in uitvoering van de kaderrichtlijn Water en de Overstromingsrichtlijn voorbereiden.
• Het openbaar onderzoek over de stroomgebiedbeheerplannen en overstromingsrisicobeheerplannen organiseren.
• De methodologie en de richtlijnen voor de opmaak van de waterbeheerplannen voorbereiden.
• Richtlijnen en nadere regels voor de watertoets voorbereiden.
• De waterbeheerplannen onderling en op de waterbeleidsnota afstemmen.
• Tegenstrijdigheden tussen bindende bepalingen van waterbeheerplannen op de verschillende niveaus (stroomgebied, bekken, deelbekken) inventariseren.
• De werking van de bekkenstructuren opvolgen en ondersteunen.
• De kennis over het watersysteem verzamelen en verspreiden.

Wateroverlast 

Naar aanleiding van de wateroverlast in november 2010 kreeg de CIW als coördinerend orgaan op het gebied van integraal waterbeleid de opdracht om in samenwerking met alle betrokken instanties een globale evaluatie van de overstromingen te maken en een actieplan op te stellen.