Vlaanderen is opgedeeld in elf bekkens. Van west naar oost zijn dat: het bekken van de IJzer, de Brugse Polders, de Gentse Kanalen, de Benedenschelde, de Leie, de Bovenschelde, de Dender, de Dijle en Zenne, de Demer, de Nete en de Maas.

Het overleg tussen de betrokkenen in een bekken gebeurt via drie overlegstructuren: het bekkenbestuur, de bekkenraad en het bekkensecretariaat met ambtelijk bekkenoverleg. Vlaamse waterbeheerders, partners uit betrokken beleidsdomeinen (ruimtelijke ordening, landbouw...), provincies, gemeenten, polders en wateringen werken in deze structuren samen om het waterbeleid op bekkenniveau gestalte te geven.

De planning in een bekken gebeurt via een bekkenbeheerplan. Een bekkenbeheerplan beschrijft uitvoerig de situatie in het bekken en heeft daarbij oog voor de omgeving van het watersysteem en de sectoren die in het bekken werkzaam zijn. Het plan geeft ook aan welke knelpunten en kansen zich in het bekken voordoen. Het centrale hoofdstuk is een weloverwogen visie op het waterbeheer in het bekken. Doelstellingen, maatregelen en acties vormen het beleidsprogramma dat deze visie naar de praktijk vertaalt.