Het bekkenbestuur is de bestuurlijke pijler van het wateroverleg in het bekken van de Gentse Kanalen. In dit orgaan zetelen vertegenwoordigers van het Vlaamse Gewest en vertegenwoordigers van de lokale besturen (provincies, gemeenten en polders).
Overlegstructuren
De bekkenraad is het adviesorgaan van het bekken. De bekkenraad staat in voor het maatschappelijk overleg met het middenveld. Via de bekkenraad wordt het middenveld bij het integraal waterbeleid van het bekken betrokken.
Het wateroverleg op ambtelijke niveau gebeurt per thema of gebied, het GTO of gebiedsgericht en thematisch overleg.
Het bekkensecretariaat is de motor van het wateroverleg in het bekken van de Gentse Kanalen. Het bekkensecretariaat staat in voor de dagelijkse werking binnen het bekken en het voorbereidende werk voor het bekkenbestuur, het gebiedsgericht en thematisch overleg en de bekkenraad.