Het bekkenbestuur is de bestuurlijke pijler van het wateroverleg in het Benedenscheldebekken. In dit orgaan zetelen vertegenwoordigers van het Vlaamse Gewest en vertegenwoordigers van de lokale besturen (provincies, gemeenten en polders).
Overlegstructuren
Het overleg tussen de waterbeheerders en met de betrokken administraties en actoren heeft een bestuurlijke pijler (bekkenbestuur), een maatschappelijke pijler (bekkenraad) en een ambtelijke pijler (gebiedsgericht en thematisch overleg). De motor van het integraal waterbeleid in een bekken is het bekkensecretariaat.
De bekkenraad is het adviesorgaan van het bekken. De bekkenraad staat in voor het maatschappelijk overleg met het middenveld. Via de bekkenraad wordt het middenveld bij het integraal waterbeleid van het bekken betrokken.
Het ambtelijk wateroverleg per thema of gebied in een bekken wordt GTO of gebiedsgericht en thematisch overleg genoemd.
Het bekkensecretariaat is de motor van het wateroverleg in het Benedenscheldebekken. Het bekkensecretariaat staat in voor de dagelijkse werking binnen het bekken en het voorbereidende werk voor het bekkenbestuur, het gebiedsgericht en thematisch overleg en de bekkenraad.