Waterkwaliteit
De IJse heeft al een relatief goede waterkwaliteit. Zeker het leven in de waterloop doet het goed. Alle biologische kwaliteitsparameters (fytobenthos, macrofyten (waterplanten), macro-invertebraten en vis) schommelen rond de norm. De fysico-chemische parameters lopen nog een beetje achter. De zuurstofconcentratie in de IJse doet het al langere tijd heel goed. Ook fosfor, dat in de meeste Vlaamse waterlopen het grootste knelpunt vormt, is op de goede weg. Het voornaamste knelpunt is het stikstofgehalte. Dit is vermoedelijk te wijten aan instroom van nitraatrijk grondwater.
Andere oorzaken van het nog niet halen van de milieudoelstellingen zijn een overbelast rioolstelsel, of, in het afwaartse deel, het nog ontbreken van riolering, vervuild regenwater dat afstroomt van autowegen, bodemerosie en de beekstructuur zelf die op sommige plaatsen te sterk door de mens is aangepast.
Samen werken aan waterkwaliteit
Recente metingen tonen aan dat een goede watertoestand voor de IJse haalbaar is na 2027. De voorwaarde is wel dat we vanaf nu maximaal inzetten op de nodige maatregelen.
Langs een groot deel van de loop van de IJse ligt de IJsecollector. Zeker in de opwaartse delen zijn de meeste inwoners al aangesloten op de riolering en wordt hun afvalwater gezuiverd in de RWZI van Huldenberg. Alleen gaat het vaak nog om gemengde stelsels, waar zowel afvalwater als regenwater, en specifiek voor de IJsevallei, ook veel bronwater terechtkomt. Al dit parasitair water hoort niet in de riolering en zorgt er voor dat de vele overstorten hier te veel in werking treden. Zo komt telkens een hoop afvalwater in de IJse terecht, wat tot tijdelijke zuurstoftekorten kan leiden. De laatste jaren werden al veel gescheiden rioleringsstelsels aangelegd, waarbij het proper water van het afvalwater losgekoppeld wordt. Het propere water kan zo rechtstreeks naar de IJse, en het vuile water wordt naar de zuiveringsinstallatie gevoerd. Het verder optimaliseren (actie 2, actie 4, actie 9) en waar nodig nog verder uitbouwen van de rioleringsinfrastructuur in het afstroomgebied van de IJse (actie 1, actie 3) kan dus zorgen voor een verdere verbetering van de waterkwaliteit.
Een belangrijk knelpunt voor de verdere uitbouw van de rioleringsinfrastructuur is de gewestweg N253. Veel straten langs en in de buurt van deze weg zijn nog niet aangesloten op de riolering omdat deze rioleringswerken gekoppeld zijn aan de herinrichting van deze weg. En dat proces is niet simpel en vraagt veel tijd. Om toch ook hier te vermijden dat afvalwater nog rechtstreeks in de IJse terechtkomt, zoeken de rioolbeheerder, gemeente en Aquafin naar alternatieven (actie 5). Tenslotte kan ook de uitbreiding en renovatie van de RWZI van Huldenberg (actie 6) er voor zorgen dat er minder nutriënten in de IJse terechtkomen.
De IJse kruist twee van de drukste wegen in ons land: de Brusselse Ring in Hoeilaart en de E411 in Overijse. Via goten en afvoerbuizen komt het regenwater dat van die wegen stroomt rechtstreeks in de IJse terecht. Dat water bevat onder meer olie- en teerachtige, kankerverwekkend stoffen (PAK’s), zware metalen en strooizout. De impact hiervan op de waterkwaliteit van de IJse is groot. Er wordt momenteel gewerkt aan zuiveringsbekkens die het water zullen zuiveren voordat het in de IJse terecht komt (actie 7).
De IJse stroomt diep ingesneden in het Brabants leemplateau. De combinatie van leembodem en een uitgesproken reliëf maakt het gebied erg gevoelig voor erosie. Op die manier gaat er jaarlijks een groot stuk van de vruchtbare bodem verloren. Een deel van het geërodeerde materiaal komt in de waterlopen terecht en bevat nutriënten en bestrijdingsmiddelen. Daarom is erosie een belangrijke bron van vervuiling voor de IJse. Het verminderen van het optreden van erosie, en als dat niet lukt, het verminderen van de impact van erosie, is hier dan ook cruciaal (actie 8).
Naast deze acties die zorgen dat er minder vervuiling in de waterloop terecht komt, is het belangrijk om het zelfzuiverend vermogen van de waterloop te vergroten en eventuele knelpunten voor vismigratie aan te pakken. De vismigratieknelpunten aan de molens in Overijse-centrum en in Neerijse werden al aangepakt. De volgende jaren zullen ook deze aan de molens van Loonbeek en Huldenberg opgelost worden (actie 10, actie 11). Zo zullen de vissen vanuit de Dijle verder de IJse op kunnen zwemmen tot ver opwaarts in Hoeilaart. Daar zal ook het knelpunt aan de vijver in het Ruusbroecpark aangepakt worden (actie 13). De vissen, en al het andere leven in de waterloop, hebben baat bij een betere structuurkwaliteit. Een 
natuurlijkere waterloop verhoogt de ecologische waarde, en dus de waterkwaliteit, en kan meer water bergen. In Overijse worden alle kansen gegrepen om de IJse terug open te leggen of natuurlijker te maken (actie 15, actie 21, actie 23). Ook in Huldenberg wordt hier aan gewerkt in kader van landinrichting OVID (actie 12, actie 26). De Nellebeek, een zijloop van de IJse, werd in het verleden overdekt of in een onnatuurlijke bedding gedwongen. Het herstel van de natuurlijke structuur is hier ook een meerwaarde voor de Rivierdonderpad, een Europees beschermde vissoort (actie 14).
Net als voor veel andere waterlopen in Vlaanderen, zijn er ook langs de IJse plaatsen waar invasieve exoten een probleem vormen. Deze bestrijden is niet altijd evident (actie 25).
